Cqgc Implementation Guide
0.1.0 - CI Build

Cqgc Implementation Guide - Local Development build (v0.1.0) built by the FHIR (HL7® FHIR® Standard) Build Tools. See the Directory of published versions

CodeSystem: Ferlab.bio CodeSystem/data-type

Official URL: http://fhir.cqgc.ferlab.bio/CodeSystem/data-type Version: 0.1.0
Active as of 2025-08-25 Computable Name: data-type

Data types

This Code system is referenced in the content logical definition of the following value sets:

This case-sensitive code system http://fhir.cqgc.ferlab.bio/CodeSystem/data-type defines the following codes:

CodeDisplayFrench (fr)
ALIR Aligned Reads Fragments alignés
ALIRPG Aligned Reads from Variants Non-Repetitive Regions Report Fragments alignés pour les variants annotés provenant de régions non répétées
SNV Germline SNV SNV germinal
SSNV Somatic SNV SNV somatic
SNVPG Germline SNV from Variants Non-Repetitive Regions Report Variants SNV germinales annotés provenant de régions non répétées
GCNV Germline CNV CNV germinal
SCNV Somatic CNV CNV somatic
GSV Germline SV SV germinal
SSV Somatic SV SV somatic
SOMFU Somatic Fusion Dragen VCF VCF Dragen des fusions somatiques
SSUP Sequencing Data Supplement Données de séquençage supplémentaires
IGV IGV Track Track IGV
CNVVIS CNV Visualization Visualization de CNVs
EXP Expression PNG PNG des expressions
COVGENE Coverage by Gene Report Rapport de couverture par gène
QCRUN Sequencing Run QC Report Rapport de controle de qualité de la run de séquençage
EXOMISER Exomiser SNV Report Rapport SNV Exomiser
EXOMISER_CNV Exomiser CNV Report Rapport CNV Exomiser
PFUSION Preliminary Fusion TSV TSV préliminaire des fusions
RNASEQ RNA Sequences Séquences d'ARN
SRNASEQFCP Somatic RNA Sequences Fusion Candidate Preliminary Fichier préliminaire des candidats de fusion de séquences d'ARN somatique
SRNASEQFCF Somatic RNA Sequences Fusion Candidate Final Fichier final des candidats de fusion de séquences d'ARN somatique
SGENEXPSF Somatic Gene Expression SF Expression génique somatique SF
FFUSION Final Fusion Final des fusions
MDALL Leukemia Classification by the MD-ALL Algorithm Classification de la leucémie par l'algorithme MD-ALL
KMBCOR Somatic Targeted Analysis by the KM Algorithm Analyse ciblée somatique par l'algorithme KM
KMFLT3 Somatic Targeted Analysis by the KM Algorithm Analyse ciblée somatique par l'algorithme KM
KMUBTF Somatic Targeted Analysis by the KM Algorithm Analyse ciblée somatique par l'algorithme KM
KMNPM1 Somatic Targeted Analysis by the KM Algorithm Analyse ciblée somatique par l'algorithme KM
INDX Sequencing Data Index Index de données de séquençage
OTHER Undefined Data Type Type de données indéfini
FUSG Gene fusion Fusion de gènes
HLA HLA Caller Results Résultats de l'appel des allèles HLA
PAC Paralog Calling Appel de variants dans les gènes paralogues
PEC Ploidy Estimation per Chromosome Estimation de la ploïdie par chromosome
ROH Runs of Homozygosity Segments d’homozygotie
STR Tandem Repeat Calls Appel de répétions en tandem
NORM_VEPPG Annotated Variants from Non-Repetitive Regions (Legacy Batch) VCF File Fichier VCF des variants annotés provenant de régions non répétées (ancien traitement par lot)
NRRV Annotated Variants from Non-Repetitive Regions Report Rapport de variants annotés provenant de régions non répétées
PHENOVAR Phenovar Detailed Results Résultats détaillés de Phenovar